12er mittig über der Bassdrum ist schon eher speziell. Wenn ich sehe, wie viele Drummer mit konventionellem Aufbau (=Tomhalter und Rosette, 2 Toms) wirklich virtuos unterwegs waren und sind, könnte man das auch unter "bad habit" einsortieren, wie manch schlechte Spieltechnik eben. Erlaubt ist, was gefällt, aber es kann halt auch einschränken.
Gibt es denn einen Grund, das zwingend so beibehalten zu wollen? Oder wäre ein Umlernen wenigstens denkbar? Die Vorteile liegen imho auf der Hand, man kann nämlich auf jedem Standardaufbau dann wie gewohnt abliefern. Gerade Festivals stellen ja gerne die Backline, um die Wechselzeiten kurz zu halten. Je weniger man dann am Set rumschrauben muss, umso besser. Und mir fällt bei deinem Spiel jetzt nichts auf, was diesen Aufbau zwingend voraussetzt, sondern du hast dich halt über viele Jahre dran gewöhnt.
Ich hatte lange Zeit auch nur 1up1down gespielt und habe da auch hinsichtlich des Beckensetups wahrscheinlich den am weitesten verbreiteten "Standardaufbau".
Live spiele ich auch nach wie vor meistens nur mit 1up1down. Wenn ich live mehr Toms nutze, würde ich am ehesten ein zweites Floortom dazu stellen.
Das 12er muss ich dabei auch nicht mittig über der Bassdrum haben. Im Gegenteil - nur ein Racktom kann man schön links über der BD platzieren, sodass das Ride mittiger platziert werden kann.
Als ich (nachdem ich als Kind bereits mal gespielt hatte) mit 15 wieder angefangen hatte zu spielen, bin ich mehrere Jahre ganz ohne Hängetoms ausgekommen. Zuerst war ich in einer kleinen Kammer, die kaum Platz geboten hat. Aber ich glaube auch, dass die Hängetom-Halterungen meines alten Sets kaputt waren.
So kommt es, dass ich den Standard-Aufbau mit zwei Toms auf der Bassdrum a us spielerischer Sicht unpraktisch finde. Die Snare ist ja eigentlich der Mittelpunkt des Sets und ich mag es auch nicht, wenn mein Ride irgendwo ganz weit rechts außen oder ganz hoch positioniert ist.
Hinsichtlich der Hi-Hat brauche ich auch einen recht schmalen Aufbau, weil ich die Sticks nicht kreuze.
Das 12er habe ich also nur mittig über der Bassdrum, wenn ich zwei Hängetoms nutze. So können die Hi-Hat und das Ride an komfortablen Positionen für mich bleiben und ich nutze den Platz dazwischen optimal aus, ohne Lücken.
Aber wie ich ja bereits schrieb, will ich den Standard-Aufbau mit zwei Toms auf der Bassdrum mal probieren. Vielleicht kann ich mich ja dran gewöhnen und vielleicht entdecke ich auch Vorteile dadurch. Das letzte mal hatte ich so einen Aufbau als Kind. 
Aber das Tom umkehren wäre evtl. die Lösung, nicht? Sogar naheliegender, dachte ich mir jedenfalls aufgrund deiner Beschreibung.
Oder meintest du nicht das Loch am Tom selbst?
Nein, ich meine die Position der Rosette auf der Bassdrum. Die Stange ist so einfach zu weit am Schlagfell der Bassdrum, sodass das 12er Tom viel zu nah am Hocker ist. Und lässt sich durch die Position auch kaum anschrägen.