sofern Du wirklich 2 getrennte Monofiles drauf geladen hast, hört sich das Problem tatsächlich nach einem Übersprechen zwischen den Kanälen innerhalb des Zoom an. Könnte aber auch an dem Kabel Zoom Output->Mixer liegen, oder am Mixer selber. Oder besteht das Problem auch dann, wenn nur 1 Output angeschlossen ist? Ist das auch mit einem Kopfhörer direkt am Zoom der Fall? Man sollte meinen, aktuelle digitale Hardware kann das auch ohne Übersprechen. Gibt es ggf. irgendwelche Software Settings/Effekte innerhalb des Zoom, die bei der Ausgabe beide Kanäle in irgend einer Form bearbeiten, und das Problem generieren? Also z.B. einen Summenlimiter/Compressor, Reverb FX usw.
Ansonsten kenne ich solche Probleme nur bei der Verwendung von stereo MP3 Dateien nebst mp3 Player zu dem selben Zweck. Pannt man den Click in Cubase 100% zu einer Seite, und die Samples 100% zur anderen, hört man nach dem Export ebenfalls Übersprech-Probleme. Das liegt in diesem Fall aber am MP3 encoder, denn wenn man unkomprimiertes wav verwendet, gibt es hier keine Probleme.